学生数の減少で、高等教育においては、大学崩壊、大学倒産などが警戒され始め、短期大学ではその懸念が特に強い。日本の短期大学を今後どのように発展させるかが、文部科学省の中央教育審議会の大学部会などでも話題になり始めている。アメリカ合衆国のコミュニティ・カレッジが、現行の日本の短期大学にその性質がよく似ているので、それに類した、教養や資格取得のための短期の一般教育や専門教育を行い、卒業者の大学への編入学枠を広げるという方向性についてなどが検討されている。
また短大自体においても1992年に大学評価・学位授与機構による「認定専攻科」制度が開始されてからは専攻科を修了し機構の審査に合格することにより、大学編入学をすることなく学士の学位の取得が可能となり短大の可能性が拡大された。
なお、1990年代に増加した、看護学、工学の学科を置く短期大学は、看護師取得に必要な要件の変更や工場技術者の資質向上へのニーズから、通常の大学への改組が相次いでいる。
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また、娘を持つ親は自分の子供を都市部の大学に出したくない傾向にあることと、共学化や工学系の学科が増えたことから、地方の短期大学の中には志願者が微増したところもみられるが、全体的には、短期大学の志願者は減っている。とりわけ家政系などを中心とした旧来型の女子短期大学などは、凋落傾向が特に顕著である。